Vatikaanin museo on yksi maailman suurimmista ja arvokkaimmista taidekokoelmista. Museot sijaitsevat Pietarinkirkon pohjoispuolella, Vatikaanissa. Museo koostuu eri aikoihin rakennetuista paavien palatseista ja sisäpihoista. Museoissa vierailee päivittäin 5 000–20 000 kävijää.
Paavi Julius II:n katsotaan muuttaneen palatsien luonteen museoksi. Hän perusti Vatikaaniin antiikin mallin mukaisen veistospuiston Belvederen palatsiin. Veistospuistoa koristivat muun muassa Belvederen Apollo, Laokoon-ryhmä sekä Praksiteleen Hermes. Paavin seuraajat houkuttelivat hoviin aikakauden kuuluisimpia taiteilijoita, kuten Michelangeloa, Leonardoa sekä Rafaelia koristamaan palatsien tiloja. Museon yli 50 000 sisältävä muinaisesinettä koskeva kokoelma avattiin ensi kerran yleisölle 1700-luvulla. Museon kuuluisin osa on Sikstuksen kappeli, jossa on paljon nähtävää, kuten Michelangelon maalamat kattofreskot sekä Viimeinen tuomio.
Paavi Gregorius XVI avasi museon vuonna 1839. Museo keskittyi käsittelemään Egyptin sekä Assyrian kulttuureja. Sieltä löytyy aitojen esineiden lisäksi roomalaisia kopioita, jotka löytyivät Hadrianuksen huvilasta, Tivolista. Nähtävänä on muumioita, hautojen tarvikkeistoa, työkaluja sekä kopio Kuolleiden kirjasta.
Museo on saanut nimensä paavien Klemens XIV:n sekä Pius VI:n mukaan. Valtaosa museon taideteoksista jouduttiin antamaan sotasaalina Napoleonille vuonna 1797 solmitussa rauhassa. Wienin kongressi palautti vuonna 1815 valtaosan taideteoksista takaisin Vatikaaniin. Nykyään museossa on esillä antiikin aikaisten veistosten kokoelma. Museon kahdeksankulmaisessa sisäpihassa sijaitsevat ehkä kuuluisimmat veistokset: Belvederen Apollo sekä Laokoon-ryhmä.
Museo on saanut nimensä paavi Pius VII Chiaramontin mukaan. Museo avattiin vuonna 1806 ja se käsittää yli tuhat kreikkalaiseen ja roomalaiseen kuvanveistoon liittyvää taideteosta. Merkittävimpänä teoksena on keisari Augustusta kuvaava patsas, joka löydettiin vuonna hänen vaimonsa huvilan rauniosta.
Tämän kahdeksantoista eri huonetta sisältävä museon on perustanut paavi Gregorius XIV vuonna 1837. Museo sisältää vuonna 1828 aloitetuista kaivauksista löytyneitä etruskien esineistöä ja taidetta. Museosta löytyy myös esineitä vuonna 1836 löytyneestä Cerveterin nekropolista. Jäämistö on erittäin hyvin säilynyt, sillä haudat olivat säilyneet ryöstämättöminä.
Museo perustettiin 16. toukokuuta vuonna 1844 Lateraanipalatsiiin paavi Gregory XIV:n käskystä. Maalliseen taiteeseen keskittyvä museo siirrettiin muiden museoiden yhteyteen vuonna 1963. Museossa voi ihailla Ateenan Parthenonista löytyneitä marmorikappaleita sekä Caracallan kylpylästä löytyneitä mosaiikkeja.
Museo on nimetty paavi Aleksanteri VI Borgian mukaan. Borgia maalautti seinä- ja kattomaalaukset vuosien 1494–1495 välillä Pinturicchiolla ja hänen oppilaillaan. Vuonna 1973 paavi Paavali VI aloitti nykytaiteen keräämisen, jonka yli 800 teosta on sijoitettu Appartamento Borgiaan.
Rafaelin neljä huonetta sijaitsevat Borgia-suvun huoneiden yläpuolella. Huoneet olivat alun perin paavi Julius II:n yksityisasunto. Julius II oli Rafaelin ihailija ja valitsi hänet koristelmaan salit freskoilla. Rafael aloitti työt vuonna 1508 ja ne kestivät yhteensä 16 vuotta. Rafael kuoli ennen töiden valmistumista.
Salissa otettiin vastaan arvovieraita ja järjestettiin virallisia tilaisuuksia. Huoneen freskojen maalaus aloitettiin vuonna 1517, vain kolme vuotta ennen Rafaelin kuolemaa. Salin freskot ovat pääasiassa Rafaelin oppilaiden Giulio Romanon, Giovanni Francesco Pennin sekä Raffaellino del Collen käsialaa. Salin neljä pääfreskoa kertovat Konstantinus Suuren elämän vaiheista: Mulviuksen sillan taistelu, Ristin näkeminen, Konstantinuksen kaste sekä Konstantinuksen lahjoitus. Ajan henkeen kuului, että maalauksiin sisällytettiin työn tilanneen paavin kasvonpiirteet. Kasteessa ja lahjoituksessa esiintyvän paavi Pyhä Sylvester I:n kasvojen piirteet muistuttavat paavi Klemens VII:ttä.
Tätä huonetta käytettiin paavin yksityisiin keskusteluihin. Huoneen maalauksien tarkoitusperä haluttiin poliittiseksi sekä samalla dokumentoiviksi. Huoneen freskot ovat Rafaelin omaa käsialaa. Huone on saanut nimensä Heliodoruksen karkotus temppelistä -freskosta. Teos on varsin suora viittaus siihen, miten Julius II onnistui karkottamaan ranskalaiset Italiasta. Leo I ja Attilan kohtaamisesta kertovassa freskossa Rafael maalasi Leo I:n Julius II:n näköiseksi, mutta myöhemmin muutti kasvonpiirteet vastaamaan Juliuksen seuraajan paavi Leo X:n piirteitä.
Huoneen nimi viittaa neuvostoon, joka kokoontui tähän huoneeseen allekirjoittamaan virallisia asiakirjoja. Huoneen freskot on maalattu vuosina 1508–1511, ja ne ovat yhdet Rafaelin kuuluisimmista. Huoneen kolme pääfreskoa käsittelevät kolmea eri ihmismielen kategoriaa: totuus, hyvyys ja kauneus. Ateenan koulu -freskon teemana on filosofien Platonin ja Aristoteleen kiista totuuden etsinnästä. Freskosta on monien aikalaisten kuten Leonardo da Vincin, Michelangelon, Pietro Peruginon sekä Donato Bramanten muotokuvat. Rafael itse esiintyy freskossa nuorukaisen hahmossa. Väittely pyhästä sakramentista on Rafaelin ensimmäinen Juliukselle maalaama fresko. Fresko esittää nimensä mukaisesti teologista väittelyä ehtoollisen merkityksestä. Se kattaa sekä taivaan että maan. Rafael maalasi freskoon Julius II:n lisäksi myös Dante Alighierin ja opettajansa Donato Bramanten. Parnasus freskossa Apollo ja hänen yhdeksän muusaansa ovat aikakautensa runoilijoiden ympäröimänä.
Huone oli ollut ruokasali, mutta maalausten jälkeen siitä tuli paavi Leo X:n aikana musiikkisali. Huone on saanut nimensä Rooman kaupunginosassa Borgossa vuonna 847 syttyneestä tulipalosta, jonka paavi Leo IV taltutti ristinmerkillä. Freskoon on lainattu tarustoa antiikista, maalauksen etualalla on kuvaelma Aineiin paosta Troijasta. Huoneen freskot on maalanneet Rafaelin oppilaat hänen laatimiensa suunnitelmien mukaan vuosina 1514–1517.
120 metriä pitkän gallerian seiniä ryhdyttiin koristamaan paavi Gregorius XIII:n aikana vuosina 1572–1585. Paavi Urbanus VIII viimeisteli gallerian lisäämällä siihen teoksia vuosien 1623–1644 aikana. Gallerian seinillä on karttoja Italian eri osista. Venetsia, Genova, Civitavecchia sekä Ancona ovat saaneet suuret ja yksityiskohtaiset kartat seinille.
Seinävaategalleria perustuu Rafaellon oppilaiden luonnoksiin. Seinävaatteet on tehty 1500-luvun alkupuolella Brysselissä. Suurin osa seinävaatteista esittää kohtauksia Jeesuksen elämästä. Uudemmat seinävaatteet kuvaavat paavi Urbanus VIII:n elämää.
Galleriassa on esillä Rooman ja antiikin Kreikan esineistöä sekä roomalaisia marmorikynttilänjalkoja.
Museoiden alueella on useita sisäpihoja. Kuuluisimpana lienee Pinjankävyn sisäpiha, Cortile della Pigna. Sisäpihalla on suihkulähteen yläpuolelle sijoitettu neljä metriä korkea pronssista valettu käpy. Dante oli nähnyt kävyn ja käytti sitä mittana kuvaillessaan helvetissä tapaamiensa jättiläisten kokoa, kirjassaan Jumalainen näytelmä. Kävyn ympärillä nousevat Michelangelon suunnittelemat kaksoisportaat.
Шаблон:Pääartikkeli Sikstuksen kappeli on yksi Vatikaanin kuuluisimmista rakennuksista. Kappelin rakennutti paavi Sixtus IV vuosina 1475–83. Kappelin kuuluisimmat freskot ovat Michelangelon Aatamin luominen ja Viimeinen tuomio.
Paavi Innocentius III:n tornissa on paavi Nikolaus V:n mukaan nimetty yksityiskappeli. Fra Angelico oppilaineen koristivat kappelin freskoilla vuosina 1448–1449.
