San Miguel Mission, tunnetaan myös nimellä San Miguelin kappeli, on Espanjan siirtomaavallan aikainen lähetyskirkko Santa Fessä Yhdysvaltojen New Mexicossa. Kirkko on rakennettu noin 1610–1626. Se tuhoutui pueblokapinan aikana 1680, mutta rakennettiin uudelleen 1710, kun espanjalaiset valloittivat seudun uudestaan. Kirkko toimi jonkin aikaa espanjalaisten sotilaiden kappelina. Puinen alttarirakennelma reredos, johon kuuluu puinen arkkienkeli Mikaelin patsas ainakin vuodelta 1709, lisättiin paikalleen 1798. Vaikka kirkkoa on korjattu ja rakennettu useita kertoja vuosien varrella, alkuperäiset savitiiliseinät ovat yhä suurelta osin jäljellä, mutta ovat jääneet myöhempien lisäysten alle piiloon. Tätä kirkkoa sanotaan usein virheellisesti Yhdysvaltojen vanhimmaksi kirkoksi. Kaksitoista vuotta sitä vanhempi on kuitenkin San Miguel Mission Socorrossa New Mexicossa. Kappeli on yhä joka sunnuntaisessa käytössä.
