Nikolaikirche on kirkkorakennus Saksan pääkaupungissa Berliinissä. Se on kaupungin kirkkorakennuksista vanhin ja sijaitsee Berlin-Mitten kaupunginosassa, historiallisen Nikolaiviertelin alueella. Nykyisin Nikolaikirchessä toimii Berliinin kaupunginmuseoon kuuluva museo ja siellä järjestetään myös konsertteja.
Kirkko rakennettiin vuosina 1220–1230. Se oli alun perin katolinen, mutta uskonpuhdistuksen mylleryksissä se muutettiin luterilaiseksi kirkoksi. Toisen maailmansodan liittoutuneiden pommituksessa kirkko vaurioitui merkittävästi. Saksan demokraattisen tasavallan Itä-Berliinin alueella sijainnutta kirkkoa alettiin jälleenrakentaa vasta vuonna 1981.