Koishikawan kasvitieteellinen puutarha (jap. 小 石川 植物園, Koishikawa Shokubutsuen, 16 hehtaaria) on Tokion yliopiston kasvitieteellinen puutarha. Se sijaitsee osoitteessa 3-7-1 Hakusan, Bunkyō, Tokio. Puutarha on avoinna päivittäin maanantaita lukuun ottamatta, ja puistoon on pääsymaksu.
Puutarha perustettiin vuonna 1684, jolloin Tokugawan shogun, Tsunayoshi perusti sinne Koishikawan lääkekasvitarhan. Vuonna 1877 lääketarha siirtyi Tokion yliopiston omistukseen ja siitä muodostui japanilaisen kasvitieteen nykyaikaisen tutkimuksen pääpaikka.
Puutarhan kokoelmissa on noin 4 000 kasvilajia, joista 1 400 puuvartis-, 1 500 ruohovartis- sekä 1 100 trooppista ja subtrooppista lajia. Merkittäviä ulkokokoelmia ovat kameliat, kirsikat, vaahterat, bonsai-puut ja alppikasvit. Kasvikokoelmien huomattavia osia edustavat luonnonvaraisesti kerätyt lajit Japanista, Koreasta, Taiwanista ja Kiinasta.
Puutarhoissa on myös 1,4 miljoonan näytteen herbarium sekä 20 000 kirjan ja lehden kirjasto.
Tokion yliopistolla on Koishikawan ohella myös Nikkōssa sivupuutarha, jossa kasvatetaan Tokiota viileämpien seutujen ja vuoristojen kasveja.