Jeesuksen syntymäkirkko (Kanisat al-Mahd) on yksi vanhimmista toimivista kristillisistä kirkoista arabikaupunki Beetlehemissä Trans-Jordanialle kuuluneella länsirannalla.
Kirkkoa alettiin rakentaa 326 keisari Konstantinuksen toimesta. Adoniksen lehdon puut kaadettiin ja luolan päältä louhittiin kiveä. Myöhemmän Hieronymuksen haudan vierestä johti käytävä luolaan. Kallioon tehtiin reikä, jotta kirkon lattialta saattoi nähdä luolaan. Reiän muodostaman aukon ympärillä oli kahdensankulmainen rakennelma lattiamosaiikkeineen. Neljä pylväsryhmää jakoivat basilikan viiteen laivaan. Sisäänkäynti järjestyi kolmen oven kautta länsisuunnasta kylän pääkadulta.
Vuonna 384 Betlehemiin tuli Eusebius Sophronius Hieronymus sekä 386 jalosukuinen roomalainen Paula sekä tämän tytär Eustochium. Kaikki kolme asettuivat Betlehemiin. Paula perusti naisluostarin asettuen itsekin sinne. Alueelle perustettiin myös miesluostari, johon Eusebius Sophronius Hieronymus asettui itse asumaan tehden Vulgata-käännöksen raamatusta.
Vuonna 529 Nablusin samarialaiset ryhtyivät kapinaan, jossa Jerusalem kärsi tuhoja. Myös Betlehemin uskotaan kärsineen vaurioita. Vanhimman kirkon jäännöksistä löytyi 1934 lattian alta kerros tuhkaa, palanutta puuta ja murskautuneita kattotiiliä.
Keisari Justinianuksen hallitusaikana 527-565 vanha kirkko hävitettiin ja uusi rakennettiin tilalle. Kahdeksankulmaisen kuorin tilalle tuli nykyinen kuori sekä poikkilaiva. Laivan länsiseinää siirrettiin edemmäs länteen päin, jolloin kirkkon pinta-ala laajeni. Neljä kolonnadia rakennettiin uudelleen. Länteen lisättiin eteinen, minkä vuoksi atrium voitiin siirtää edemmäs länteen. Aikaisemman kirkon mosaiikkilattiat peittyivät runsaan puolen metrin paksuiseen tuhkaan ja pudonneen katon palasiin, joiden päälle laitettiin marmorilattia. Kirkon lattialla ollut reikä peitettiin, mutta siihen tehtiin kaksi uutta sisäänkäytiä. Myös luolaa parannettiin verhoamalla sen seinät ja katto marmorilevyin. Eteisen yllä oleva ulkoseinä peitettiin Jeesuksen syntymää esittävällä mosaiikilla.
Persialaiset valtasivat Syyrian sekä hävittivät Jerusalemia 614, mutta he säästivät Betlehemin syntymäkirkon siksi, että kirkon edustalla mosaiikissa oli kuvattuna persialainen tietäjä.
Kristityt lakkasivat käyttämästä kirkkoa väliaikaisesti 634, koska eivät uskaltaneet tulla sinne siksi, että arabit olivat voittaneet kristittyjen armeijan Ajnadayn taistelussa. Jerusalem antautui kalifi Oman ibn al-Khattabille 638, joka saapui Betlehemiin rukoilemaan syntymäkirkon eteläiseen poikkilaivaan Mekkaan päin kääntyneenä. Hän takasi patriarkka Sofroniukselle kirkon koskemattomuuden muslimeilta sekä rajoitti muslimien oikeuden rukoilla kirkossa yhteen henkilöön kerrallaan siten, ettei sinne kutsuttu rukoilemaan musessinin rukouskutsusta. Tätä rajoitusta ei myöhemmin kunnioitettu, vaan eteläisen apsiksen mosaiikit poistettiin ja sinne sijoitettiin islamilaisia kirjoituksia tilalle. Oman ibn al-Khattabin rukoilupaikkaa ryhdyttiin kutsumaan Omarin moskeijaksi.
Vuonna 808 keisari Kaarle Suuri pyysi raportoimaan luostareista Pyhällä maalla. Silloin Betlehemissä oli vain 15 pappia ja munkkia sekä kaksi Simeon Styliitan seuraajaa pylväiden päässä istuen.
Muslimivalloittajien ja kristittyjen alamaisten uskonrauha säilyi ja pelasti kirkon hävitykseltä 1009, kun Egyptin hallitsija al-Hakim määräsi maassaan kristillisten muistomerkkien yleisen hävittämisen.
Vuonna 1099 saapuivat ristiretkeläiset. Gottfried Bouilloinilainen piti armeijaansa reservissä Emmauksessa. Betlehemistä pyydettiin apua saraseenien hyökkäystä pelättäessä, minkä seurauksena Tankred lähti apuun noin sadan sotilaan voimalla. Tankred nosti lippunsa basilikan torniin, minkä jälkeen kirkolle tuli myös ristiretkeläisille oma merkityksensä. Jouluna 1100 latinalaisen kuningaskunnan ensimmäinen kuningas Balduin I kruunattiin kirkossa. Se sai katedraalin arvon 1109. Ensimmäiseksi piispaksi valittiin prorien johtaja Aschetin. Kuningas Balduin II kruunattiin katedraalissa 1122.
Ristiretkeläiset rakensivat Augustinuksen kaniikeille kirkon pohjoispuolelle myöhemmin annetun luostarin,joka ympäröitiin puolustuslaittein: muurein ja tornein. Katedraalia restauroitiin 1161-1169. Fasadi koristeltiin mosaiikilla 1163 Manuel Konmenosin toimesta.
Fransiskaanien ja ortodoksien väliset riidat alkoivat 1500-luvulla. Välimieheksi joutui islamilainen Korkea portti. Fransiskaanit saivat syntymäkirkon haltuunsa 1690 ja he laittoivat lattialle uuden tähden aikaisemmin viedyn tilalle 1717. Tähdessä luki Hic de Virgie Maria Iesus Christus natus est.
Kreikkalaiset munkit karkottivat 1757 fransiskaanit syntymäkirkosta. Tämän jälkeen roomalais-katoliset ja ortodoksit ovat olleet riidoissa syntymäkirkon hallinnasta, johon ajoittain myös armenialaiset ortodoksit ovat ajoittain osallistuneet. Jopa verisiä konflikteja syntyi erityisesti kristikunnan suurimpina juhlina, jouluna ja pääsiäisenä.
Fransiskaanien 1717 tuoma tähti vietiin 12. lokakuuta 1847, mutta sulttaani Abdul Mejid pakotti kreikkalaiset ortodoksit palauttamaan tähden 1853.
Tähden lisäksi fransiskaanien ja ortodoksien välillä oli kiistaa basilikan pääoven ja kryptan avainten hallinnasta, mikä johtivat lopulta kiistaan Ranskan keisariksi julistautuneen presidentin Napoleon III:n ja Nikolai I:n välille sekä lopulta Krimin sotaan.