Galápagosin kansallispuisto (esp. Parque Nacional Galápagos) on kansallispuisto Galápagossaarilla. Lähes koko Galápagossaaret kuuluvat kansallispuistoon. Sen pinta-ala on 7 618 neliökilometriä eli se peittää 96,7 prosenttia saarten maa-alasta. Loput 3,3 prosenttia on jätetty ihmiskäyttöön.
Kansallispuisto on jaettu kolmeen vyöhykkeeseen. Täydellisen suojelun alue pyritään pitää kokonaisuudessaan ihmistoiminnan ulkopuolella. Ekosysteemien suojelun ja palauttamisen alueella sallitaan pienimuotoinen ihmisvaikutus. Asutuksia ja maatalousaluetta lähinnä olevaa vyöhykkeellä pyritään minimoimaan ihmisen aiheuttama vaikutus.
Galápagossaarten suojelua alettiin edistää 1930-luvulla, ja vuonna 1936 Ecuadorin hallitus julisti saaret kansallisvarannoksi ja perusti komission tutkimaan saarten suojelua. Irenäus Eibl-Eibesfeldt ja Robert Bowman ajoivat Kansainvälistä luonnonsuojeluliittoa ja Unescoa tutkimaan saarten asemaa. Järjestöjen tuella he tekivät vuonna 1957 tutkimusmatkan Galápagossaarille ja esittivät seuraavana vuonna Lontoossa eläintieteen kansainvälisessä konferenssissa vaatimuksen saarten välittömästä suojelusta.
Ecuador julisti 15. kesäkuuta 1959 Galápagossaaret kansallispuistoksi. Samana vuonna Belgiassa perustettiin Charles Darwin Foundation, joka aloitti toimintansa saarilla Charles Darwinin tutkimusasemalle ja jonka tehtävää oli kouluttaa, estää vieraslajien leviämistä ja suojella uhanalaisia lajeja.
Ecuador valitsi vuonna 1968 puistoon ensimmäiset suojelutyöntekijänsä, ja seuraavana vuonna kansallispuiston rajat määriteltiin virallisesti. Puistoon nimettiin vuonna 1972 ensimmäinen johtaja, ja seuraavana vuonna viralliseen puisto-organisaatioon kuului 18 työntekijää.
